Bardzo istotnym elementem każdego sytemu POS jest oprogramowanie. Wybór programu zależy od rodzaju prowadzonej działalności. I tak oto programy gastronomiczne pozwalają, m.in. na komputerowe odwzorowanie układu sali w restauracji, tworzenie receptur czy prowadzenie sprzedaży na otwarty rachunek. Natomiast oprogramowanie dedykowane do sklepów (np. PC Market od Insoft) pozwala m.in. na śledzenie bieżących stanów magazynowych, sprawdzanie bieżącej sprzedaży czy prowadzenie analiz towarów wolnorotujących. Dzięki modułowej budowie możliwa jest rozbudowa licencji zarówno o dodatkowe funkcje, jak i kolejne placówki.

Oprogramowanie PC Market/PC POS to nie tylko rozwiązanie dla pojedynczego sklepu, ale także dla sieci handlowych. Dzięki rozbudowanym regułom rabatowo/punktowym PC-Loyalty umożliwia prowadzenie i zarządzenie programami lojalnościowymi. Ponadto rozważając zakup programów POS warto wcześniej sprawdzić czy wybrane oprogramowanie jest systematycznie rozwijane.